In den Chilis befindet sich die Substanz Capsaicin. In Hinblick auf die Chemie sind es jedoch mehrere Faktoren, die für die Schärfe der Chilis verantwortlich sind. Vielmehr ist es eine Aneinanderreihung der verschiedensten Substanzen und chemischen Verbindungen, die sich in ihrer Gesamtheit in der Plazentawand und den Scheidewänden befinden.

Während die Schärfe-Substanz Capsaicin zum einen farblos ist, ist sie zum anderen überaus robust. Weder durch das Erhitzen, noch durch das Einfrieren kann man die Chilis von ihrer Schärfe befreien. Nur wenn man vor der Zubereitung das Innere der Chilis entfernt, kann sich die Schärfe unterbinden lassen. Heute kann zwischen zahlreichen Varianten der Chilis unterschieden werden, von denen einige auch ausschließlich durch Züchtungen entstanden sind. Die einzelnen Arten der Chilis sind mit einem unterschiedlichen Schärfegrad ausgestattet, der durch die Menge des Capsaicins geprägt wird. So wurde speziell die Paprika während der Züchtungen von dem Capsaicin und somit auch von der Schärfe befreit.